Кризис 2008-2009 года стал самым глубоким для отрасли за последние 30 лет, и даже самые оптимистичные прогнозы показывают, что рынок вернется к показателям 2007 года только через три года.
Кризис в отрасли грузовых авиаперевозок начался в октябре-ноябре 2008 года. Наибольшее падение объемов регулярных грузоперевозок в целом по всем авиакомпаниям было зафиксировано в январе-феврале 2009 года - 23%, в целом за год - 30%. По оценке DISCOVERY Research Group, с июля наметилась тенденция по оживлению спроса и сокращению темпов падения. Так, в июле падение грузопотока составило 11,3%, в августе - 9,6%, а в целом в 2009 году - 5,5%.
Основной объем грузовых перевозок в 2009 году (63,7%) был выполнен пятью авиакомпаниями: ЭйрБриджКарго, Волга-Днепр, Аэрофлот-Карго, Аэрофлот-РА, Трансаэро. По показателю объёма перевезённых грузов, вытеснив компанию «Волга-Днепр», на первое место вышла ЭйрБриджКарго. В 2009 году объём перевезённых грузов этой авиакомпанией (198 тыс. т) более чем вдвое превысил аналогичный показатель «Волга-Днепр». ЭйрБриджКарго также занимает первое место по показателю грузооборота.
За год изменилась пятёрка лидеров по показателю грузооборота - пятое место заняла компания «Трансаэро», заняв место компании «Полёт». А по объёму перевезённых грузов в 2009 году компания «Аэрофлот - российские авиалинии», обойдя «Волга-Днепр», вышла на второе место.
Число российских авиакомпаний за 2009 год сократилось на 11 штук. По итогам 2008 года в России было 175 авиакомпаний, а по итогам 2009 - только 164. Сертификаты эксплуатантов аннулированы у «Интеравиа», «Сатурна», «Омскавиа», «Сибирской авиатранспортной компании», «Дальавиа», «Красноярских авиалиний», «Домодедовских авиалиний» и «Авиапредприятия «ТЕСИС», ООО «Авиакомпании «Алания», ООО «Корпорация «АВИАЛЕСООХРАНА», ОАО Авиакомпания «Трансавиа-Гарантия».