Для российский бизнес-инкубаторов характерен ряд проблем. К основным проблемам относятся отсутствие в настоящее время единой концепции организации, строительства и функционирования бизнес-инкубаторов, а также отсутствие критериев оценки эффективности их деятельности. Эксперты также указывают на существование информационной проблемы, которая выражается в сложности получения информации о наличии свободных мест в бизнес-инкубаторах, о стоимости арендной платы, стоимости услуг бизнес-инкубаторов и т.п.
Эффективность бизнес-инкубаторов можно оценить по количеству выпущенных и успешно функционирующих компаний, по годовому обороту предприятий, по количеству резидентов и даже по объёму общей площади.
Компания DISCOVERY Research Group в июне 2012 года провела сравнение российских бизнес-инкубаторов по количеству резидентов, по характеристике резидентов, по общей площади помещения, по стоимости арендной платы и по видам оказываемых услуг. Для анализа были выбраны следующие бизнес инкубаторы: БИ «Строгино», БИ «Зеленоград», БИ «Сколково», БИ «Ингрия», «InCube» (БИ АНХ), «HSE (Inc.)» (БИ НИУ ВШЭ), «БИ МГУ», «Нижегородский Инновационный БИ», «Омский Региональный БИ» и «Бизнес-инкубатор Академпарка».
Лидером по количеству резидентов (71) в 2012 году стал Бизнес-инкубатор «Ингрия», на втором месте Бизнес-инкубатор «Зеленоград» (33), на третьем - Бизнес-инкубатор «Строгино» (27).
По данным исследования, часть российских бизнес-инкубаторов принимает любые инновационные компании на стадии стартап, другая часть бизнес-инкубаторов рассматривает только выпускников определенного вуза/школы, к которому прикреплён бизнес-инкубатор. Часть бизнес-инкубаторов принимает в резиденты только юридических лиц, другая - только физических.