На данный момент отрасль, как и все машиностроение вообще, имеет ряд существенных проблем, без решения которых дальнейшее ее прогрессивное развитие будет под вопросом. Сюда входят износ основных фондов, устаревшие технологии, высокая энергоемкость и низкая энергоэффективность производства, по-прежнему не совсем рациональное управление. На большинстве заводов уровень износа основных фондов превышает 60%.
Согласно исследованию «Рынок энергетического машиностроения в России: состояние, тенденции и перспективы его развития», проведенному ИА КредИнформ, на долю России приходится всего около 2% мирового рынка энергетического машиностроения, что составляет примерно 1,5 млрд. долл. В основном отечественные производства работают на удовлетворение внутренних нужд страны. Экспорт отечественного оборудования за рубеж осуществляется в основном в страны «третьего мира» и объемы его при этом неуклонно падают - к 2011 году почти по всем группам энергетического оборудования произошло резкое сокращение доли экспорта во внешнеторговом обороте как в натуральном, так и в стоимостном выражениях (к примеру, по гидравлическим турбинам до 2% от общего объема внешнеторгового оборота).
Также наиболее существенными являются технологические проблемы отрасли. Практически все используемые на данный момент виды технологий являются наследием советского периода и быстро устаревают. Для решения этой проблемы необходимы большие инвестиции в собственные НИОКР и обеспечение доступа к зарубежным технологиям по различным схемам. В заявленной государством Стратегии развития отрасли общий объем ее финансирования оценивается до 2030 года в более чем 300 млрд руб. (из бюджета 38 млрд руб.). Помогут ли эти средства и будут ли они рационально использованы, покажет время.