Одним из основных факторов успешной работы интернет-банка для юридических лиц является обеспечения высокого уровня безопасности для предотвращения мошеннических действий со счетами клиентов банков. Для этого банки используют различные системы защиты информации, которые предоставляются дополнительно к пакету услуг по подключению к интернет-банку и оплачиваются отдельно.
По данным исследования систем дистанционного банковского обслуживания юридических лиц Топ-50 российских банков (по величине активов на 01.06.2015), проведенного компанией «AnalyticResearchGroup», самую высокую стоимость систем защиты информации имеет «Сбербанк», который взимает 3 990 руб. за электронный ключ с экраном. Второе место занимает «Азиатско-Тихоокеанский Банк» с показателем 1 950 руб. за ключ, а третье место делят «Банк ЮГРА» и «Московский Индустриальный Банк», которые предлагают средства информационной защиты за 1 500 руб. за ключ.
Некоторые банки не взимают плату за предоставление ключей безопасности, либо включают эту сумму в стоимость подключения или обслуживания интернет-банка. Среди таких банков – «МДМ Банк», «Банк Санкт-Петербург», «АК БАРС Банк» и другие.